分子蒸餾器又稱短程蒸餾，是一種在高真空度下進行的液-液分離操作的連續蒸餾過程，它不同於傳統蒸餾依靠沸點差分離原理，而是與被蒸餾混合物的分子量大小有關，能夠實現遠離沸點下的操作，分子量差異越大，分子自由程相差越大，餾出物就越純。
在高真空的條件下，液體混合物沿著加熱板流動並被加熱，根據不同分子量物質的分子平均自由程的不同，它們在汽化表麵與冷凝表麵之間分子平均自由程的大小以及蒸發度也明顯的不同，輕組分分子的分子平均自由程大，而重組分分子的平均自由程小，使得輕組好能達到冷凝板上麵被冷凝，使其沿冷凝板流下，而重組分子因達不到冷凝板而沿著加熱板流下，從而將不同物質進行分離。分子蒸餾作為一種物理分離技術，能解決大量常規技術分難於解決的問題，生產過程綠色安全環保，具有廣泛的應用前景。
　　分子蒸餾器具有顯著優勢：時間短—物料在加熱表麵停留的時間短，減少受熱分解的機會，低沸點—蒸發溫度遠低於物料的沸點，所以進一步減少物質受 熱分解的可能，物理分離—分可有效的保護被分離物質，適用於高沸點、熱敏性及易氧化物料的分離，蒸餾溫度低—(低於沸點，這是與常規蒸餾本質的區別)，真空度高—壓強低，可抑製物料氧化受損，蒸餾液膜薄—傳熱效率高，均勻，分離程度高—無沸騰鼓泡現象，可有效的脫溶、脫臭,適用於溶劑萃取後液體的脫溶，有選擇地蒸出目的產物,去除其它雜質。